Sau khi Tôn Ân chết, em rể là Lư Tuần lên thay, tiếp tục củng cố thế lực. Năm 410, Lư Tuần đưa quân tiến công Giang châu. Lưu Dụ (vừa tiêu diệt được Nam Yên) được triều đình triệu về Kiến Khang chống địch. Ông đưa quân đến Sơn Dương[27] thì được tin Hà Vô Kị tử trận ở Dự Chương, bèn quyết định trở về Kinh đô.

Ngày Quý Mùi tháng 4 ÂL (tức, Lưu Dụ về tới Kiến Khang. Lưu Nghị đem quân nam tiến, đến tháng 5 ÂL, thì bị Lư Tuần đánh bại ở Lạc châu. Quân Tấn phải rút lui về Tầm Dương[28].

Tình thế thành Kiến Khang nguy cấp trong khi quân Lư Tuần có hơn vạn người mà binh triều đình chỉ còn khoảng 1000. Mạnh Sưởng và Gia Cát Trường Dân hoảng sợ, đề nghị dời đô nhưng Lưu Dụ không nghe, quyết chí cố thủ Kiến Khang.

Lư Tuần tiếp tục đưa quân đến Thái châu[29] rồi tiến đến quận Đơn Dương. Lưu Dụ bèn đến Thạch Đầu, cho tu sửa Viết Thành[30] giao chiến cùng Lư Tuần. Lư Tuần dùng nghi binh, tiến công Bạch Thạch và Tra Phổ để đánh lạc hướng, còn mình đích thân đem đại quân công đánh thành Đơn Dương và giành chiến thắng, tuy nhiên đến tháng 7 ÂL thì phải rút về Giang châu. Đến tháng 10 ÂL cùng năm, Lưu Dụ dẫn Lưu Phiên, Đàn Thiều và Lưu Kính Tuyên suất quân phản công. Đến tháng 12 ÂL năm đó, quân Tấn dùng kế hỏa công, đánh tan được thủy quân Lư Tuần. Lư Tuần bại trận, lui về Tả Lý[31] chống cự. Lưu Dụ tiếp tục tiến công về phía nam. Lư Tuần không thể chống lại, đành rút lui về Quảng châu. Nhân đó Lư Tuần phái Tôn Xứ cùng Điền Tử Kinh đưa quân chiếm căn cứ Phiên Ngung của Lư Tuần. Đến năm 411, Lư Tuần bị thứ sử Giao châu Đỗ Huệ Độ giết chết, cuộc khởi nghĩa Tôn Ân-Lư Tuần tan rã.[32]